Lymeborreliose is een systeemziekte met een grillig verloop en vele verschijningsvormen, die steeds diverser worden, doordat er steeds vaker co-infecties met andere ziekteverwekkers optreden. De wetenschappelijke informatie vertoont nog lacunes en is deels tegenstrijdig. Er ontbreekt nog een door iedereen erkende gouden standaard voor het stellen van de diagnose. Dit geldt overigens ook voor de behandeling, de definitie van genezing of voor het vaststellen van het effect van behandeling. Met de toename van de kennis en de technieken wordt lymeborreliose wel steeds meer een ‘gewone’ spirocheten infectie die detecteerbaar en behandelbaar is.
 
Een infectie met Borrelia burgdorferi leidt vaak niet tot ziekteverschijnselen, zoals uit het voorkomen van antistoffen bij mensen uit risicogroepen (bosarbeiders) blijkt, waarvan er veel wel besmet zijn (geweest) met de spirocheet, zoals uit bloedonderzoek blijkt, maar die daar nooit wat van gemerkt hebben. In de Verenigde Staten is seropositiviteit zonder symptomen daarentegen zeldzaam. Wanneer er ziekteverschijnselen ontstaan, worden deze in drie stadia ingedeeld. De indeling in stadia is enigszins arbitrair.

In een rapport dat de Gezondheidsraad in 2013 aan de Tweede Kamer aanbood bleek dat er zoveel ziektebeelden aan de Ziekte van Lyme hangen, dat er minstens zes verschillende patiëntenbeelden moeten worden herkend. Zij komen dan ook tot de conclusie: ‘Dé lymepatient bestaat niet!’ De Gezondheidsraad erkende wel, dat er nog niet voldoende onderzoek is gedaan naar het effect van therapie.